Genomic Base-calling by Hardware Accelerated ML

הרקע לפרויקט:

שלב ראשוני בריצוף גנומי בטכנולוגיות מתקדמות הינו מיפוי אות חישה חשמלי לרצף בסיסי הגנום הנדגם, בפרויקט זה נעזר בתשתית למידת מכונה ומאיצי חמרה לצורך שלב זה המכונה Basecalling

מטרת הפרויקט:

השלמת פיתוח פתרון מלא ל basecalling מבוסס למידת מכונה הנתמכת על ידי מאיץ חומרה.

תכולת הפרויקט:

יישום ואימון מודל למידת מכונה מבוססת רשת נוירונים לצורך מיפוי גנומי, הטמעה, שילוב ויישום הרשת בעזרת מאיץ חומרה.

קורסי קדם:

נדרשת שליטה טובה וניסיון בתחומים הבאים: תכן לוגי, קידוד C, ופייתון.

דרישות נוספות:

תידרש השלמת ידע עצמאית בלמידת מכונה, ותהליך ריצוף גנומי.

מקורות:

1. https://nanoporetech.com/how-it-works/basecalling
2. https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-172…