השוואת שיטות לאנליזה של רצפים גנטיים של רנ"א

Comparing methods for RNA sequencing analysis

תיאור הפרויקט:

מטרת הפרוייקט היא להבין את היתרונות והחסרונות של שיטות שונות לניתוח מידע המתקבל מריצוף רנ"א של רקמות וגידולי כליה. 

תכולת הפרויקט:

1.    לימוד ויישום שיטות שונות לניתוח רצפי רנ"א
2.    ניתוח השוואתי בהתאם לקריטריונים מקובלים.

דרישות:

לימוד עצמי של שפת R ושל כלים בסביבת linux
ההכשרה החישובית תינתן במעבדה.

מקורות:

Background:
•    http://en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seq
•    http://rnaseq.uoregon.edu/index.html

Alignment:
•    STAR-https://code.google.com/p/rna-star/
•    RSEM-http://deweylab. biostat.wisc.edu/rsem/
•    stringtie- http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/#overview
Differntial expresssion-
•    EdgeR- http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html
•    Limma- "limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies"
•    Cufflinks+CummeRbund

Feature counting:
•    featureCounts-http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/
•    easyRNASeq- http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/easyRNASeq.html

דוא"ל: itamarkanter@gmail.com