שיטות חישוביות להבנה של רשתות גנטיות של תאי כליה

Computational Modeling and Reverse-Engineering of Kidney Stem Cells

מטרת הפרויקט לפתח אלגוריתמים ללמידה וסינתזה של רשתות גנטיות, תוך יישום האלגוריתמים להבנת ההתפתחות וההתנהגות של תאי כליה. מחלות כליה כרוניות נמצאות בעליה מתמדת בקרב האוכלוסייה, וכיוון שכיום הן אינן ניתנות לריפוי , החולים בהם עוברים סבל רב ופגיעה באיכות החיים, בנוסף למחיר כלכלי כבד המוטל על מערכות הבריאות. הבנה עמוקה יותר של הרשתות הגנטיות שמבקרות את תהליכי ההתפתחות וההתמיינות של תאי כליה עשויה לשמש בעתיד כלי חיוני בניסיונות לפתח שיטות טיפוליות חדשות. בפרויקט נפתח ונשתמש בכלים ואלגוריתמים שמאפשרים לבנות מודלים חישוביים של רשתות גנטיות תוך התמקדות בהבנת תהליכים התפתחותיים בכליה. 

 דרישות:

83691 Formal Verification and Synthesis (במקביל לפרויקט) 

83670 Biological Computation(במקביל לפרויקט) 

מקורות:

B. Yordanov, S-J Dunn, H Kugler, A. Smith, G. Martello and S. Emmott, S. A Method to Identify and Analyze Biological Programs through Automated Reasoning, Nature Systems Biology and Applications, 2016.

Y. Shavit, B. Yordanov, S-J Dunn, C.M. Wintersteiger, T. Otani, Y. Hamadi, F.J. Livesey and H. Kugler. Automated Synthesis and Analysis of Switching Gene Regulatory Networks, BioSystems, 2016.

O. Pleniceanu, O. Harari-Steinberg, B. Dekel, Concise review: Kidney stem/progenitor cells: Differentiate, sort out, or reprogram? Stem Cells. 28, 1649–1659 (2010).